W roku 1776 hrabia de St.Germain nakazał zamknąć szkołę, ale została ona ponownie otwarta przez Ludwika XVI. Wśród absolwentów tego okresu wymienić należy generała Bertranda, który towarzyszył Napoleonowi na wyspie św. Heleny oraz dwóch braci Chappe, wynalazców telegrafu semaforowego.
Szkoła została ponownie zamknięta w roku 1793 w wyniku zmian jakie przyniosła Rewolucja Francuska. Przez jakiś czas budynki przechodziły z rąk do rąk, służąc także Armii Republiki.
Prytanée Militaire thumb|„Le Triomphe du Prix d'Honneur”, 1887, mal. Charles Crès
24 marca 1808 roku Napoleon przemianował szkołę na „Prytanée Militaire” w nawiązaniu do starogreckich prytanów. Gdy cesarz przeprowadził się wraz z dworem do Fontainebleau, przeniósł „École Spéciale Militaire de Fontainebleau” do Paryża, a „Prytanée de Saint-Cyr” do La Flèche. Od tamtego czasu szkoła przyjmowała różne nazwy, jak „École royale militaire” (1814-1830), Collège royal militaire (1831-1848), Collège national militaire (1848-1853), Prytanée impérial militaire (1853-1870), Prytanée militaire i Prytanée national militaire (po 1870).
thumb|Studenci podczas posiłku, ok.