6 listopada 1939 aresztowany podczas Sonderaktion Krakau wywieziony do Sachsenhausen, skąd został zwolniony 8 lutego 1940. Powrócił do Krakowa, gdzie do 1 września 1944 pracował w Instytucie Badań nad Durem Plamistym i Wirusami produkował dla Armii Krajowej szczepionkę przeciwtyfusową oraz wykładał na tajnych kompletach UJ.

Po II wojnie światowej powrócił na Uniwersytet Jagielloński i w 1946 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. Członek korespondent od 1956, członek rzeczywisty PAN od roku 1961 oraz członek PAU. W latach 1956–1958 był rektorem UJ. W latach 1962–1969 był przewodniczącym Rady Naukowej w Zakładzie Zoologii Systematycznej PAN. Zajmował się anatomią porównawczą i embriologią. W 1966 przeszedł na emeryturę.mały|Grób prof. Władysława Natansona i prof. Zygmunta Grodzińskiego na cmentarzu Rakowickim w KrakowieOd 16 września 1931 był mężem Natalii (1906–1987), córki Władysława Natansona, z którą miał syna Władysława, profesora biologii UJ i córkę Zofię (1935–2022)Zygmunt Grodziński M.J.