Źródłosłów Słowo hatha znaczy siła. Wyrazu tego używa się jako przysłówka w sensie „przemocą” lub „wbrew czyjejś woli”B.K.S. Iyengar, Światło jogi, tłum. S. Bubicz, Virya, Warszawa, 1996.. Słowo to składa się z dwóch członów ha oznaczającego słońce i tha oznaczającego księżyc (symbolika tych nazw jest podobna do znaczenia yin i yang).
Prageneza Wiele aspektów jogi szczególnie silnie obecnych w hathajodze, jak specyficzne pozycje ciała (asany) wydaje się mieć szczególnie dawne pochodzenie. Pewne płaskorzeźby przedaryjskiej cywilizacji Mohendżo Daro interpretowano jako wizerunki medytującego w stanowiącej jedną z podstawowych asan pozycji lotosu (padmasana) Śiwy. Już Rygweda [X 136] mówi o dysponujących szczególnymi mocami nadnaturalnymi ascetach – munich unoszących się ponad wiatrem. Mistyczna anatomia ciała ludzkiego hathajogi obecna jest w najstarszych upaniszadach – np. Ćhandogjopaniszada [VIII 6.6] mówi o istotnych dla hathajogi niefizycznych kanałach energetycznych (nadi), w tym o najważniejszej, suszumnie, prowadzącej wzdłuż kręgosłupa do czubka głowy. Koncepcję kontroli oddechu (pranajama) omawia Bryhadaranjakopaniszad [I 5.23]. Także o wiele młodsza Swetaśwataraopaniszada [II 8 i nn.] omawia dość szczegółowo pewne typowe dla hathajogi aspekty jogi, jak kontrola oddechu i wzbudzanie ognia wewnętrznego.