Pierwsze wątpliwości zostały wysunięte z końcem XIX wieku; badacze wskazywali na różnice między freskami z Asyżu a freskami z kaplicy Scrovegnich w Padwie, będącym bezspornym dziełem Giotta.
Także datowanie cyklu Franciszka jest niejasne. Za Vasarim powtarzana jest informacja, iż malowidła rozpoczęto, gdy generałem zakonu franciszkanów był Giovanni da Muro, czyli w latach 1296–1304, ale równie dobrze prace mogły się rozpocząć za papieża Mikołaja IV (1288–92). Cykl ukończono przed 1307. Najczęściej przyjmuje się zatem lata 1296–1307.
W kościele znajduje się także ołtarz z połowy XIII wieku i ambona, dzieło Mikołaja da Bettona z połowy XIV wieku. Największy zachwyt budzi chór złożony ze 102 stall drewnianych wykonanych w latach 1491–1501 oraz pulpit z 1501 r. Stalle zdobią intarsje przedstawiające wizerunki papieży, świętych, doktorów kościoła i najznaczniejsze postacie zakonu. Witraże pochodzą z XII wieku.
Fasadę kościoła zdobi podwójny portal, który przypomina wyglądem wejście do kościoła dolnego.