Z niej można przejść do zakrystii, w której umieszczono relikwie świętego.
Schody w ramionach transeptu prowadzą na taras, z którego można zobaczyć absydę kościoła górnego oraz loggie: dolną, przy niej znajdował się pierwszy klasztor Eliasza Bonbarone górną, przy której zbudowano klasztor Sykstusa IV
Kościół górny thumb|200px|Giotto (?), scena z cyklu św. Franciszka: Sen Innocentego III thumb|200px|Giotto (?), scena z cyklu św. Franciszka: Kazanie do ptaków Schody z tarasu prowadzą do kościoła górnego. Jest to budowla jednonawowa, znacznie wyższa od kościoła dolnego. Nawę przekrytą sklepieniem krzyżowym kończy absyda poprzedzona krótkim transeptem. W przeciwieństwie do kościoła dolnego, nie ma tu bocznych kaplic. Kościół utrzymany jest w stylu gotyckim. Prezbiterium i transept (z wyjątkiem części malowideł w północnym ramieniu) zdobią freski Cimabuego: sklepienia wyobrażają firmament z gwiazdami, w absydzie znajdują się malowidła o tematyce maryjnej, a na ścianach transeptu dwukrotnie scena Ukrzyżowania oraz sceny z Apokalipsy św. Jana i Dziejów Apostolskich. Freski zostały namalowane w latach 1280–1283.