Początek II wojny światowej Jako oficer 5 dywizjonu artylerii konnej brał udział w wojnie obronnej w 1939 Po ataku ZSRR na Polskę 24 września 1939 r. został wzięty pod Krasnobrodem do niewoli sowieckiej. Więziony był w łagrze NKWD w Kozielszczynie pod Połtawą. Dzięki zastosowanemu podstępowi – udawał zwykłego szeregowca – objęty został wymianą jeńców pomiędzy Niemcami i ZSRR.
W grudniu 1939, po ucieczce z transportu niemieckiego, dotarł do Warszawy i podjął działalność konspiracyjną. Zaprzysiężony przez swojego brata Mariana Kozielewskiego od stycznia 1940 działał z ramienia władz podziemnych w misjach kurierskich do rządu polskiego na uchodźstwie we Francji.
W czerwcu tego roku wpadł w ręce Gestapo na Słowacji. W trakcie brutalnych przesłuchań w preszowskim więzieniu, nie widząc szans na ratunek, obawiając się, że może nie wytrzymać kolejnych tortur, podciął żyły obu rąk. Został odratowany i przewieziony przez Gestapo do okupowanej Polski. 28 lipca 1940 roku we wspólnej akcji PPS i ZWZ, kierowanej przez Stanisława Rosieńskiego i koordynowanej na miejscu przez podchorążego Zbigniewa Rysia został odbity ze szpitala w Nowym Sączu. Kilku uczestników akcji zostało ujętych.