Lata 1918–1924 to dobra koniunktura dla zakładów Supraśla, która kończy się wraz z reformą monetarną w Polsce. W latach kryzysu 1929 -1933 zakłady przemysłowe miasta ograniczają produkcję do kilku miesięcy w roku. W lipcu 1933 roku dochodzi do strajku. Od kul policji ginie 2 robotników, a 5 zostaje rannych„Supraśl” M. Czajkowski, J. Zyskowski, H. Oldykowski, Wydawnictwo Artystyczno -Graficzne, s. 8..
W okresie międzywojennym władze II Rzeczypospolitej przekazały opuszczony klasztor supraski Kościołowi rzymskokatolickiemu. W 1937 salezjanie zdjęli belki z krzyży na cerkwi św. Jana Teologa.
W połowie września 1939 r. miasto zostało zajęte przez wojska niemieckie, a następnie, po tygodniu, przez Armię Czerwoną. Sowieci skonfiskowali budynki klasztorne, urządzając w nich koszary. W tym czasie zniszczyli wyposażenie świątyni, a po wybuchu wojny w czerwcu 1941 r. spalili też Pałac Opatów. W listopadzie 1942 suprascy Żydzi zostali wywiezieni do obozu przejściowego w Białymstoku, skąd trafili do obozu zagłady w Treblince. Synagogę Niemcy zdewastowali, obrzucając ją granatami, a następnie rozebrali, a uzyskanym budulcem obmurowali budynek żandarmerii. 23 lipca 1944 r. wojska niemieckie wysadziły w powietrze budynek cerkwi oraz spaliły niemal wszystkie fabryki włókiennicze. 24 lipca 1944 r.