W pierwszej połowie lat 90. zakupiono autobusy używane Heuliez O305 i O305G, Setra SG180 i Mercedes O305G. Były to pierwsze białostockie autobusy z automatyczną skrzynią biegów. Kontynuowano także zakupy nowszych średniopodłogowych Jelczy 120M.
W 1995 roku wprowadzono do eksploatacji pierwsze autobusy niskowejściowe – Jelcz M121 (2 sztuki) i Mercedes O405N2 (3 sztuki). Zmieniono barwy autobusów na biało-zielone. W późniejszych latach zakupiono kolejne kilkanaście Jelczy M121. W latach 1998–2000 flotę zmodernizowano poprzez zakup 45 autobusów marki MAN NG312 (39 sztuk) i NL222 (6 sztuk). Udział autobusów niskopodłogowych zwiększył się dzięki temu do 23%.
XXI wiek W lutym 2004 roku funkcje Zakładu Obsługi Komunikacji Miejskiej przejął Zarząd Dróg i Transportu (ZDiT), a w czerwcu 2006 – Wydział Transportu Miejskiego (WTM). W marcu 2007 WTM połączono z Wydziałem Dróg Miejskich, w wyniku czego powstał Departament Dróg i Transportu (DDT).