Od 1790 dowodził Flotą Czarnomorską. Pod jego dowództwem, Flota odniosła zwycięstwa nad Turkami koło Kerczu (1790), koło wyspy Tendra (1790) i koło przylądka Kaliakra (1791). W bitwach tych została wykorzystana nowa taktyka, wprowadzona przez Uszakowa. W 1793 awansował do stopnia wiceadmirała.
W latach 1798–1800 flota pod dowództwem Uszakowa przeprowadziła wypad na Morze Śródziemne, działając na wodach greckich i włoskich. Między innymi odbił w 1799 Wyspy Jońskie z rąk Francuzów, na których w marcu 1800 utworzono Republikę Siedmiu Wysp. Pokazał wzorową organizację współdziałania sil lądowych i morskich w czasie opanowania Wysp Jońskich, a szczególnie wyspy Korfu, przy wyzwalaniu od Francuzów Włoch, w czasie blokady Ankony i Genui. Mimo sukcesów dyplomatycznych i politycznych Uszakowa, car Aleksander I powierzył mu następnie mniej ważne stanowisko dowódcy Floty Bałtyckiej, a w 1807 odwołał go ze stanowisk. Uszakow zmarł 14 października 1817 w swojej posiadłości we wsi Aleksjejewka (obecnie w Republice Mordwa).