Mąż Eleanor cieszył się łaskami nowego króla, Edwarda II. Okres fortuny w życiu Eleanor zakończył się w 1326 r., kiedy to królowa Izabela wraz ze swoim kochankiem, Rogerem Mortimerem, obaliła Edwarda II. Mąż Eleanor został stracony w listopadzie 1326 r. Sama Eleanor została uwięziona w Tower of London, gdzie przybywała do lutego 1328 r. W kwietniu tego roku pozowolo jej osiąść w jej posiadłościach, z których złożyła hołd lenny.
Eleanor zamieszkała w zamku Hanley, z którego została w styczniu 1329 r. porwana przez Williama de la Zouche, jednego rycerzy, który wcześniej pojmał jej męża oraz oblegał syna w Caerphilly. Eleanor i William wkrótce się pobrali. W odpowiedzi król Edward III kazał skonfiskować posiadłości Eleanor i aresztować małżonków. Eleanor została ponadto oskarżona o kradzież klejnotów z Tower. W lutym 1329 r. ponownie znalazła się w więzieniu, najpierw w Tower, a następnie w zamku Devizes. W styczniu 1330 r. została uwolniona i otrzymała królewskie przebaczenie za cenę oddania Koronie najlepszej części jej posiadłości.