Wychowanek Romy wciąż jednak zawodził i w trakcie sezonu 2005/2006 dołączył do Udinese Calcio. Sezon 2006/2007 Pepe spędził na wypożyczeniu w Cagliari Calcio, w barwach której wystąpił w 36 spotkaniach i uzyskał 3 trafienia. Pierwszą bramkę w Serie A Pepe strzelił 18 listopada 2006 w ostatniej minucie pojedynku przeciwko Palermo. Latem 2007 skrzydłowy razem z kilkoma innymi zawodnikami Udinese przedłużył kontrakt ze swoim klubem. Obecna umowa włoskiego zawodnika obowiązuje do czerwca 2012. Po tym, jak z Udinese odszedł Asamoah Gyan, Pepe stał się podstawowym zawodnikiem swojej drużyny. W sezonie 2008/2009 był podstawowym graczem Udinese. Występował na pozycji prawoskrzydłowego i razem z Fabio Quagliarellą i Antonio Di Natale stanowił o sile ofensywnej zespołu z Udine.
9 czerwca 2010 Pepe został wypożyczony do Juventusu na rok za 2,6 mln euro z opcją pierwokupu. Ligowy debiut w jego barwach zanotował 29 sierpnia w przegranym 0:1 wyjazdowym meczu z Bari. W 2011 roku został graczem Juventusu i jego barwy reprezentował do 2015. Następnie występował w Chievo oraz Pescarze, gdzie w 2017 roku zakończył karierę.