Na kartach uwięzienia uczonych jako powód wpisywano „akcję przeciwko profesorom uniwersyteckim” ()Według wypowiedzi doktora habilitowanego Krzysztofa Stopki, dyrektora Archiwum UJ, w wywiadzie Nie zapomnijcie tej śmierci, opublikowanym w Gazecie Wyborczej 1 grudnia 2009, str. 21.. Była to akcja realizowana przez Einsatzgruppe I – grupę operacyjną Sicherheitspolizei.
Przebieg akcji Wkrótce po rozpoczęciu okupacji niemieckiej ziem polskich, 19 października 1939 senat Uniwersytetu Jagiellońskiego postanowił wobec zakończenia działań wojennych otworzyć uniwersytet w roku akademickim 1939/40 i do 4 listopada 1939 przyjmować wpisy chętnych. O decyzji tej powiadomiono niemieckie władze okupacyjne, które nie wyrażały oficjalnie sprzeciwu. 4 listopada odbyło się nabożeństwo inauguracyjne w kościele św. Anny. Rozpoczęcie roku akademickiego planowano na 6 listopada, następnie przełożono je na 13 listopada 1939 z uwagi na chęć uniknięcia ewentualnych demonstracji w Święto Niepodległości 11 listopada.