Jądrem Haiku jest fork jądra hybrydowego NewOS, napisanego przez byłego inżyniera Be, Travisa Geiselbrechta. Fork jest w fazie dynamicznego rozwoju. Wiele funkcjonalności zostało już zaimplementowanych, włączając w to wirtualny system plików i obsługę wieloprocesorowości symetrycznej (zarchiwizowane w WebArchive 9 czerwca 2008)..
Kompatybilność z BeOS-em Celem projektu Haiku jest zgodność z BeOS-em R5 na poziomie źródłowym i binarnym, co pozwoli oprogramowaniu napisanemu/skompilowanemu dla BeOS-a R5 na kompilację i/lub działanie bez żadnych modyfikacji. Dostarcza to użytkownikom Haiku zbiór aplikacji (nawet tych, których autorzy nie zajmują się już programowaniem lub nie mają chęci aktualizowania ich) do użycia w Haiku, pozwalając też wznowić prace nad aplikacjami, które zostały wstrzymane po ogłoszeniu zaprzestania rozwoju platformy BeOS.
Kompatybilność ta ma także swoje wady, jak np. konieczność dostarczania z Haiku GCC w wersji 2.95, wydanej w 1999 roku. Użycie wyłącznie wersji GCC 4 powoduje utratę wstecznej kompatybilności. W związku z tym projekt wydaje hybrydowe wersje zawierające GCC w wersji 2 i 4, pozwalające na korzystanie z obu tych kompilatorów naraz. WebKit i WebPositive kompilują się wyłącznie w GCC 4.