10 marca 1939 roku objął dowództwo 17 pułku piechoty Ziemi Rzeszowskiej w Rzeszowie.
Na czele 17 pułku piechoty walczył w kampanii wrześniowej w ramach 24 Dywizji Piechoty i Armii „Karpaty”. 3 września został wraz z pułkiem przerzucony ze stacji Rzeszów Staroniwa do Gromnika dla osłony lewego skrzydła 24 DP, która nie zdążyła jednak powstrzymać nacierającej przez Gorce austriackiej 4 Dywizji Lekkiej przed przekroczeniem Dunajca. Na podstawie dyspozycji gen. Kazimierza Fabrycego rozpoczął 7 września odwrót za San, maszerując przez Kamienicę Dolną, Oparówkę, Żyznów, Izdebki do przeprawy w rejonie folwarku Siedliska-Gdyczyna, gdzie otrzymał rozkaz przejścia w rejon Birczy. 12 września 1939 roku, po pokonaniu poprzedniego dnia Sanu na czele ostatniej większej jednostki 24 DP, uderzył na siły złożonej z Austriaków 2 Dywizji Górskiej w Borownicy, odbijając miejscowość. W wyniku ściągnięcia przez wroga znacznych posiłków jego pułk, wspierany przez oddziały 1 pułku KOP „Karpaty” pod dowództwem kpt. Tadeusza Gawdzika, został okrążony. Kotarba poległ tego samego dnia w rejonie przysiółka Borownicy Czarny Potok, razem z adiutantem, porucznikiem Piotrem Zaratkiewiczem i kilkudziesięcioma żołnierzami 17 pp, podczas próby przebicia się przez pierścień niemiecki w kierunku Birczy na czele jednej z grup powstałych po rozformowaniu pułku.