W sierpniu 1942 roku została rozpoczęta budowa komór gazowych, ukończona w październiku 1942 roku. W sumie istniały 2 komory, działające na gaz wpuszczany z butli bądź przewidzianych na zastosowanie granulek cyklonu B. Piece paleniskowe dostarczyła firma Theodor Klein – Maschinen- und Apparatenbau z Ludwigshafen am Rhein, hermetyczne drzwi skonstruowała berlińska firma Auert. W przeciwieństwie do Auschwitz, na Majdanku komory były umiejscowione nie koło krematoriów, a koło łaźni, co utrudniało transport ciał, lecz nie powodowało paniki wśród osób prowadzonych na zagazowanie.
Komendantami obozu byli: SS-Standartenführer Karl Otto Koch (IX 1941 – VIII 1942) SS-Obersturmbannführer Max Koegel (VIII 1942 – XI 1942) SS-Hauptsturmführer, a od V 1943 Sturmbannführer, Arthur Hermann Florstedt (XI 1942 – IX 1943) SS-Obersturmbannführer Martin Weiss (XI 1943 – IV 1944) SS-Obersturmbannführer Arthur Liebehenschel (V 1944 – VII 1944)
Organizacja obozu była podzielona na sześć oddziałów: I: Komendantura (Kommandantur), II: Polityczny (Politische Abteilung), III: Obóz więźniarski (Schutzhaftlager), IV: Administracja obozu (Verwaltung), V: Lekarz obozowy (Lagerartz), VI: Ideologiczny (Weltanschauliches Studium).
Nadzorczyniami w obozie kobiecym były m.in.