W grudniu 1944 r., po aresztowaniu płk. „Zwornego” z całym sztabem podokręgu, korzystając ze starych kontaktów, zameldował się u inspektora AK Przemyśl, mjr. Bronisława Wohanki „Ludwika” i pod nowym pseudonimem „Dzierżyński” objął stanowisko oficera dywersji Komendy Obwodu Przemyśl AK. Od grudnia 1944 r. do sierpnia 1945 r. Stanisław Dąbrowa-Kostka jako oficer dywersji Komendy Obwodu AK-DSZ odtworzył struktury rozbite przez aresztowania. Gromadził broń i sformował oddział, którego celem była obrona ludności cywilnej przed rabunkiem. Oddział ten został rozformowany dopiero w sierpniu 1945 r. 1 stycznia 1945 r. otrzymał kolejny awans oficerski na stopień porucznika.
Działając w starych strukturach AK pod nowymi nazwami „Niepodległość” i Delegatura Sił Zbrojnych na Kraj, w maju 1945 r. sformował oddział partyzancki w sile kompanii i dowodził nim początkowo na terenach byłego Obwodu AK Przemyśl, a potem Obwodów Sanok i Krosno. W sierpniu na rozkaz mjr. „Ludwika” rozwiązał oddział. Z końcem września skierowany został do Krakowa na stanowisko szefa Wydziału Informacji i Bezpieczeństwa oraz dowódcy „Straży” (zbrojne zespoły ochrony WiN), będącego w początkowym stadium organizacyjnym Rejonu Zrzeszenia „Wolność i Niepodległość” (następnie „Wolność i Niezawisłość”), który obejmował całe województwo krakowskie. W październiku 1945 r.