Żydzi jako odrębna grupa etniczna stanowili klasę uciskaną w systemie horyzontalnym klas, natomiast żydowscy robotnicy byli uciskani w systemie pionowym klas. Z tego punktu widzenia pozycja Żydów była identyczna w obu systemach klas, i dlatego Borochow uważał, że naród żydowski doskonale nadaje się na nosiciela narodowego ruchu wyzwoleńczego. W 1906 roku partia Borochowa zmieniła nazwę na Żydowska Socjaldemokratyczna Partia Robotnicza Poalej Syjon. W tym samym roku skrystalizował on swoje poglądy i przedstawił je w programowym oświadczeniu Nasza platforma. W ten sposób Poalej Syjon zaczął wyraźnie odróżniać się od Światowej Organizacji Syjonistycznej.
W czerwcu 1906 roku policja carska odkryła skład broni ukryty na podwórzu domu Icchaka Ben-Zwi. Nie było go wówczas w mieście, ale policja aresztowała jego rodziców, brata i siostrę – zostali skazani na zsyłkę na Syberię. W następnych tygodniach policja przeprowadziła liczne przeszukania i aresztowania w Połtawie, zatrzymując między innymi Borochowa. Koledzy partyjni obawiali się, że spotka go bardzo ciężki wyrok karny, dlatego dołożyli wszelkich starań, aby uzyskać potrzebną kwotę na zwolnienie za kaucją. Borochow opuścił więzienie w grudniu 1906 roku, i bardzo szybko udał się na emigrację za granicę. Przeżycia więzienne ugruntowały jego poglądy socjalistyczne i syjonistyczne.