Kamienie nagrobne zostały użyte jako materiał budowlany podczas różnych inwestycji miejskich, m.in. budowy schodów na Górę Bouffałową i przyczółków mostowych nad Wilią. W 1973 na terenie kirkutu wybudowano bezwyznaniowy dom pogrzebowy i parking, a w miejscu głównej alei przedłużono ulicę Kirkutową. W 1992 zdemontowano schody na Górę Bouffałową oraz odzyskano część macew, które znajdowały się w różnych punktach miasta, powstał z nich pomnik (proj. Jaunutis Makariūnas) ku czci pochowanych na nieistniejącym obecnie cmentarzu"Vilniuje pradedamos tvarkyti Senosios Užupio žydų kapinės" Delfi 22.08.2015. W 2016 teren cmentarza został uporządkowany oraz ustawiono tablice informacyjne, ponadto został on wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kultury.
Cmentarz na Szeszkiniach Najmłodszy cmentarz żydowski powstał przed wybuchem II wojny światowej w Szeszkiniach, pierwsze pochówki miały tu miejsce w 1941 i byli to Żydzi zmarli w wileńskim getcie. Podczas likwidacji kirkutu na Śnipiszkach przeniesiono tu część nagrobków, w tym grób wileńskiego Gaona i Ger Cadyka „Nawróconego Sprawiedliwego”.