W 2003 roku dotarł do finału Pucharu Ligi Francuskiej, a w 2004 roku zdobył ten puchar.
W lipcu 2004 roku Pagis przeszedł do RC Strasbourg. Zdobył 15 goli w lidze (swój najlepszy dorobek bramkowy w Ligue 1) i został wicekrólem strzelców, zdobywając o 5 goli mniej niż triumfator Alexander Frei z Rennes. W tym samym sezonie zdobył także swój drugi w karierze Puchar Ligi. Sezon 2005/2006 rozpoczął w barwach Strasbourga, ale w zimowym oknie transferowym za milion euro przeszedł do Olympique Marsylia. W ataku Olympique najczęściej występował w Senegalczykiem Mamadou Niangiem. W 2006 i 2007 roku dwukrotnie dochodził do finału Pucharu Francji, jednak Olympique przegrywała z Paris Saint-Germain i Sochaux.
Latem 2007 za 1,2 miliona euro Pagis przeszedł do Stade Rennais. W listopadzie 2008 roku przedłużył kontrakt do 2010 roku. Po wypełnieniu umowy 26 lipca 2010 roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1993/94 Stade Lavallois Ligue 2 11 0 1994/95 Stade Lavallois Ligue 2 20 5 1995/96 SO Châtellerault Championnat National ? ?