Od 1533 roku, za sprawą dodatkowego spiętrzenia wody pod Wawelem rurmus dostarczał również wodę do komnat na Zamku Królewskim na Wawelu. Ten system zasilający miasto w wodę pitną został zniszczony podczas działań obronnych miasta w trakcie najazdu szwedzkiego w latach 1655–1657. W rezultacie krakowianie aż do początków XIX wieku zaopatrywali się w wodę jedynie ze studzien.
Proces likwidacji Młynówki Królewskiej jako systemu dróg wodnych rozpoczął się w czasie potopu szwedzkiego. Duża część kanałów – w tym wschodni z Młynem Kutlowskim oraz system wodociągów i rurmus uległy znacznej dewastacji i nie zostały już później przywrócone do dawnego stanu używalności. W pierwszej połowie XIX wieku zlikwidowano mury miejskie i pozostałości fosy, zasilanej przez odnogę Rudawy, a następnie założono na ich miejscu Planty, co zatarło ślady istnienia tych nurtów Młynówki. Pozostało jedynie koryto, prowadzące wzdłuż ulic Garbarskiej, Krupniczej i Retoryka do Wisły. W drugiej połowie XIX wieku w produkcji siły napędowej para zaczęła zastępować koła młyńskie, co spowodowało dalszy spadek znaczenia Młynówki i położonych nad nią młynów. Na początku XX wieku wskutek rozwoju miasta skanalizowano odcinek Młynówki Królewskiej od ulicy Garncarskiej do ulicy Wolskiej (obecnie Piłsudskiego).