W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku służył w Warszawie. Po agresji ZSRR na Polskę wraz z personelem lotnictwa polskiego przekroczył granicę polsko-rumuńską, następnie został ewakuowany do Francji. Ponieważ zamierzano go przenieść do wywiadu, w listopadzie 1939 roku został skierowany na kurs specjalny do École supérieure de guerre, w celu zapoznania się ze strukturą i organizacją Wehrmachtu.
W marcu 1940 roku przydzielony został do sztabu 1. Dywizji Grenadierów na stanowisko szefa Oddziału II. Na tym stanowisku wziął udział w kampanii francuskiej. Po klęsce armii francuskiej Czerniawski usiłował przedrzeć się do Wielkiej Brytanii, posługując się autentycznymi dokumentami zmarłego Armanda Borni, które uzyskał od jego żony Renee. W Tuluzie nawiązał kontakt z oficerem polskiego wywiadu, majorem Mieczysławem Słowikowskim, który polecił mu zorganizować placówkę Oddziału II Interalliee (INT) w Paryżu. Nowy zwierzchnik uznał, iż Czerniawski jest oficerem pełnym zapału i dużej ambicji, o bystrej inteligencji, przyzwyczajonym do niebezpieczeństw.