W kwietniu wystartował w dwóch imprezach ATP Challenger Tour, w Baton Rouge i Tallahassee, przegrywając w każdym z nich w ćwierćfinałach. Na początku maja wygrał rozgrywki ATP Challenger Tour w Savannah. W pojedynku finałowym pokonał Amerykanina Ryana Sweetinga 6:4, 6:0. Kolejny tytuł w turniejach tej kategorii zdobył w Sarasocie, gdzie w drodze do finału nie stracił seta. Mecz finałowy zakończył się zwycięstwem Japończyka nad Brianem Dabulem 2:6, 6:3, 6:4. Pod koniec maja zadebiutował w wielkoszlemowym Rolandzie Garrosie, dochodząc do II rundy. W I fazie pokonał w pięciu setach Kolumbijczyka Santiago Giraldo, natomiast w II rundzie przegrał z nr 3. turnieju Novakiem Đokoviciem. Podczas Wimbledonu przegrał w meczu I rundy z późniejszym triumfatorem rozgrywek, Rafaelem Nadalem w trzech setach.
W sierpniu Japończyk wygrał swój trzeci w sezonie turniej ATP Challenger Tour, w amerykańskim Binghamton. W finale pokonał Roberta Kendricka. Pod koniec tego samego miesiąca Nishikori dotarł do III rundy wielkoszlemowego US Open. Przechodząc najpierw eliminacje wyeliminował w turnieju głównym najpierw Jewgienija Korolowa, a potem rozstawionego z nr 11. Marina Čilicia. Mecz o 1/8 finału przegrał z Albertem Montañésem.