W ten sposób opolscy ewangelicy zostali pozbawieni miejsca dla odprawiania swoich nabożeństw i musieli odbywać długie wędrówki do Brzegu, Wrocławia, Namysłowa, Olesna, czy nawet Świdnicy. Postanowiono odprawiać nabożeństwa w domach prywatnych sprowadzając wędrownych kaznodziejów – po dalszych zakazach potajemnie. W latach 1566–1568 opolscy ewangelicy starali się o przejęcia opuszczonego przyklasztornego kościoła minorytów, zwanego „dolnym”, jednak bez rezultatu.
Okres kontrreformacji, cechujący się likwidacją wszystkiego, co ewangelickie, trwał wiele dziesięcioleci, a w końcowej fazie wojny 30-letniej jeszcze bardziej się nasilił. W dalszym ciągu ewangelicy nie mieli miejsca dla odprawiania nabożeństw. Zakupiono wreszcie, który miał być przebudowany na kościół, został on jednak zniszczony w pożarze miasta w 1615 roku. W 1622 roku lenny władca Opola, książę Gabriel Bethlen z Siedmiogrodu wydał pozwolenie na budowę kościoła, i w krótkim czasie wybudowano nieduży kościół w pobliżu klasztoru „na górce”. Jednak na rozkaz cesarza został on zamknięty w 1625 roku, a następnie zburzony. Ostatecznie cesarz Ferdynand II w roku 1630 wydał zarządzenie, mocą którego ewangelicy w obrębie murów miasta nie mogli być tolerowani.