Po zdobyciu i splądrowaniu Kordoby Dupont, wystraszony masowymi wystąpieniami mieszkańców Andaluzji, przerwał ofensywę i schronił się za murami Andujar.
Jedynie na północy Francuzi mogli odnotować pewien sukces. W czerwcu kawaleria generała Lasalle’a rozniosła niewielką armię Cuesty w bitwie pod Cabezón i odblokowała drogę do Valladolid. Gdy marsz Bessières’a na Santander był nieustannie przerywany atakami partyzantów, Francuz zawrócił i natknął się na siły Blake’a i Cuesty pod Medina del Rio Seco. Obie armie spotkały się 14 lipca; Cuesta niezbyt roztropnie zostawił lukę pomiędzy własnymi a Blake’a liniami. Francuzi natychmiast wdarli się w tę lukę i po krótkiej, ale zaciętej walce z Blakiem, pokonali armię hiszpańską, ponownie oddając Starą Kastylię w ręce Napoleona. thumb|left|250px|Kapitulacja Francuzów pod Bailén. Była to najpoważniejsza przegrana na Półwyspie Iberyjskim, do niewoli dostał się cały 18-tysięczny korpus Wielkiej Armii Zwycięstwo Bessières’a ocaliło dla armii francuskiej połączenie z Francją. Droga do Madrytu została otwarta dla Józefa, a o klęskach pod Gironą, Walencją i Saragossą zapomniano;