5 listopada 1995 przewodniczący Andrzej Lepper startował w wyborach prezydenckich. Swoją kampanię oparł na krytyce przemian ustrojowych, zwłaszcza politykę prywatyzacyjną rządów. Zdobył 235 797 głosów, tj. 1,32% poparcia (zajął 9. miejsce na 13 kandydatów). Porażka w wyborach prezydenckich spowodowała osłabienie aktywności partii. Ponowny wzrost aktywności partii miał miejsce na początku 1997 roku. Partia wraz ze związkiem zawodowym Wolnym Związkiem Zawodowym „Sierpień 80” – Konfederacja udzieliła wówczas wsparcia rolnikom, przez których gospodarstwa miał przebiegać Gazociąg Jamalski. W kolejnych wyborach parlamentarnych przeprowadzonych 21 września 1997 Przymierze Samoobrona (zarejestrowane w 16 na 52 okręgi wyborcze) uzyskało zaledwie 10 073 głosy, tj. 0,08% poparcia i partia ponownie nie uzyskała mandatów w parlamencie.
Działania te ponownie nasiliły się w okresie rządów koalicji AWS-UW (w latach 1997–2000), a następnie samej AWS (w okresie 2000–2001). Partia organizowała wówczas wiele blokad dróg. Rozszerzenie i radykalizacja akcji protestacyjnych spowodowały wzrost liczby wystąpień lidera w środkach masowego przekazu i wzrost poparcia dla partii do poziomu 5%.