4 sierpnia 2013 roku dżihadyści dopuścili się jak dotąd największej zbrodni, mordując 190 alawitów w wioskach pod Salmą. 4 września 2013 roku ISIS zaatakowało historyczne dla chrześcijan miasto Malula, a po jego zajęciu paliło i grabiło kościoły oraz mordowało tych, którzy nie zgodzili się na konwersję na islam. Czystkom położyła kres armia syryjska, która przepędziła rebeliantów-fanatyków z miasta. W dniach 21–28 października 2013 r. ISIS toczyło zacięty bój o chrześcijańskie miasto Sadad, który ostatecznie zakończył się ich klęską. W tygodniowej bitwie zginęło 100 żołnierzy oraz 80 islamistów, którzy zamordowali 45 cywilów, co nazwano masakrą chrześcijan. Oprócz tego łupiono i grabiono domostwa, kościoły i inne miejsca kultu chrześcijańskiego.
Taktyka wojenna dżihadystów wymusiła na przedstawicielstwie syryjskiej opozycji odcięcie się od islamskich ekstremistów i potępienie przypadków pogwałcenia praw człowieka, w tym porwania, morderstwa i masowe egzekucje. Syryjska opozycja zadeklarowała 11 października 2013 roku wolę przestrzegania prawa międzynarodowego i obiecała wydanie w ręce sprawiedliwości zbrodniarzy, oskarżając jednocześnie instytucje międzynarodowe o brak działania. Umiarkowani rebelianci dostrzegli tym samym zagrożenie ze strony radykalnych islamistów.