Na przeszkodzie w dalszym rozwoju ewangelicyzmu w Tychach stanęła jednak II wojna światowa. Wielu księży i wiernych Kościoła ewangelickiego w Polsce zostało osadzonych w obozach hitlerowskich, a po wojnie w radzieckich i UB. Jednym z mich był ks. bp dr Juliusz Bursche – zwierzchnik Kościoła, który zginął w niemieckim obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Dla uczczenia jego pamięci nadano ulicy w Tychach, przy której obecnie znajduje się kościół ewangelicki, nazwę biskupa Juliusza Burschego.
Po wojnie kościół ewangelicki na terenie browaru w Tychach został bezpowrotnie utracony. Odbyły się w nim 3 nabożeństwa, ostatnie w grudniu 1946 r., po czym decyzją dyrekcji browaru kościół zamknięto. Powstał tam warsztat mechaniczny, a w podziemiach urządzono piwiarnię. Od roku 1946 trwały usilne starania parafii o zwrot kościoła lub przyznanie zastępczego lokalu, jednak władze państwowe i miejskie były nieugięte. Obecnie znajduje się w nim Tyskie Muzeum Piwowarstwa. Tyscy ewangelicy dojeżdżali na nabożeństwa do sąsiednich miejscowości (Mikołów, Pszczyna, Katowice), a lekcje religii odbywały się w prywatnych mieszkaniach.