Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Paragwaju Villar zadebiutował 3 marca 1999 roku w wygranym 3:2 meczu z Gwatemalą. Wcześniej w 1997 roku wystąpił z kadrą U-20 na młodzieżowych Mistrzostwach Świata.
W 2002 roku Justo znalazł się w kadrze Cesare Maldiniego na Mistrzostwa Świata 2002 i był tam rezerwowym dla José Luisa Chilaverta. W 2006 roku został powołany przez Aníbala Ruiza do kadry na Mistrzostwa Świata w Niemczech. Z Paragwajem nie wyszedł z grupy, a już w 8. minucie pierwszego spotkania, przegranego 0:1 z Anglią doznał kontuzji i do końca turnieju został zastąpiony przez Aldo Bobadillę. W czasie Copa América 2011 razem z drużyną Paragwaju, której był kapitanem zdobył srebrny medal i został wybrany najlepszym bramkarzem turnieju.
Kategoria:Reprezentanci Paragwaju w piłce nożnej Kategoria:Piłkarze Club Sol de América Kategoria:Piłkarze Club Libertad Kategoria:Piłkarze CA Newell’s Old Boys Kategoria:Piłkarze Realu Valladolid Kategoria:Piłkarze Estudiantes La Plata Kategoria:Piłkarze Club Nacional Kategoria:Piłkarze CSD Colo-Colo Kategoria:Uczestnicy Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 2002 Kategoria:Uczestnicy Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej