Po zwycięskich walkach Gabriel popełnił jednak błąd. Zamiast kierować się na Cuzco ruszył na południe w celu rekrutacji kolejnych oddziałów. Dało to Hiszpanom czas na wzmocnienie swoich sił. Gdy w styczniu 1781 rozpoczęło się oblężenie Cuzco, posiłki dla Hiszpanów były już w drodze. W samym mieście doszło także do bratobójczych walk. Pomimo swojej rosnącej popularności i sukcesów powstania w La Paz, Moquequa, Arequipa, Tacna, Arica, Puno, Oruro i innych miejscowościach na terenie Peru, Boliwii i Chile, Tupac Amaru nie był w stanie wystarczająco zjednoczyć swoich sił, które ulegały Hiszpanom w kolejnych bitwach. Ostatecznie po bitwie pod Tinta w dniach 5–6 kwietnia 1781 Gabriel został schwytany podczas ucieczki i przewieziony do Cuzco. Tutaj nawet poddawany torturom Inka nie przyznał się do zbrodni przeciwko Hiszpanom, wobec czego skazany został na karę śmierci. 18 maja 1781 na Plaza de Armas zmuszony został do przyglądania się śmierci swoich synów i żony, uduszonych garrotą. W chwilę później poniósł śmierć gdy jego ciało zostało poćwiartowane. Jego głowę oraz pozostałe członki rozesłano do różnych miejscowości, jako dowód upadku powstania.