Dodatkowo zdarzało mu się siedzieć na ławce, podczas gdy w reprezentacji był jednym z kapitanem i jednym z najlepszych zawodników.
Red Bull Salzburg W grudniu 2006 r. Miyamoto wyjechał do Europy i na zasadzie wolnego transferu przeszedł do austriackiego klubu Red Bull Salzburg. Podpisał roczny kontrakt z opcją przedłużenia na kolejny sezon. W Red Bull stał się drugim Japończykiem obok Alessandro Santosa. W austriackiej Bundeslidze zadebiutował 24 lutego w wygranym 2:1 spotkaniu z Grazer AK. W rundzie wiosennej rozegrał 9 spotkań i wywalczył mistrzostwo Austrii. W grudniu 2007 r. przedłużył kontrakt z klubem z Salzburga do 2009 r. Miał szansę zakwalifikować się do Ligi Mistrzów, w pierwszym meczu ostatniej rundy jego zespół wygrał z Shakhtarem Donieck 1-0, w drugim natomiast przegrał 3-1. W obu zagrał przez pełne 90 minut. W 2008 r. został wicemistrzem kraju. Nie zawsze wychodził w pierwszym składzie, a w drugiej połowie sezonu naderwał mięsień, co było dotkliwą kontuzją. Nie mógł grać dwa miesiące, później jednak znowu pojawiły się kontuzje i łącznie nie mógł grać osiem miesięcy. Podczas pobytu w Austrii grał w reklamach Red-Bulla.