Złoty (1944) i Srebrny (21 grudnia 1940) Krzyż Orderu Wojennego Virtuti Militari (był jednym z siedmiu lotników polskich odznaczonych Krzyżem Złotym Orderu Wojennego Virtuti Militari), brytyjskie Distinguished Service Order i Distinguished Flying Cross (jako jedyny cudzoziemiec – trzykrotnie), czterokrotnie Krzyż Walecznych, Order Krzyża Grunwaldu III klasy, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski.
Czasy powojenne thumb|300px|Stanisław Skalski po aresztowaniu przez MBP 1948
Po zakończeniu działań wojennych i rozwiązaniu Polskich Sił Powietrznych Stanisław Skalski otrzymał propozycję przyjęcia obywatelstwa brytyjskiego i dalszej służby w RAF z zachowaniem stopnia podpułkownika. Taką propozycję przedstawił mu osobiście gubernator brytyjskiej strefy okupacyjnej w Niemczech marsz. Shorto Douglas. Postanowił powrócić do powojennej Polski. 4 czerwca 1947 opuścił Edynburg i po czterech dniach dopłynął statkiem do Gdańska, gdzie początkowo trafił do obozu repatriacyjnego „Narwik”. Następnie jako jeden z niewielu polskich pilotów powracających do kraju, został przyjęty do nowo formowanego Wojska Polskiego, gdzie w lipcu 1947 objął stanowisko inspektora do spraw techniki pilotażu.