Rozwój taksonomii, zwłaszcza wprowadzenie badań molekularnych spowodowało później dalsze zmiany, przy czym o ile podział na duże jednostki taksonomiczne w obrębie rodziny jest już dobrze ustalony, o tyle wciąż różnie definiowane są poszczególne rodzaje i gatunki, w zależności od podejścia poszczególnych badaczy (jedni dzielą rodzaje na drobne gatunki, inni łączą je uznając za odmiany). Rzeczą charakterystyczną jest, że rodzaje występujące w Ameryce Południowej dzielą się zwykle na liczne gatunki, podczas gdy w Ameryce Północnej gatunków w obrębie rodzajów jest często niewiele, liczne są rodzaje monotypowe.
W ostatnich latach XX wieku i na początku XXI zastosowanie badań molekularnych w badaniach genomów chloroplastowych pozwoliło dokładniej niż kiedykolwiek wcześniej poznać powiązania filogenetyczne w obrębie kaktusowatych.
Okazało się, że zgodnie z przewidywaniami potomkami w prostej linii najbardziej prymitywnych kaktusowatych są przedstawiciele rodzaju drzewidło Pereskia. Odkryto przy tym, że w dotychczasowym ujęciu takson ten miał charakter parafiletyczny.