Rytuał ten istniał już jednak prawdopodobnie dużo wcześniej, tylko w innej formie, a wykonujący seppuku przykładał sobie miecz do brzucha i rzucał się na twarz, przebijając wnętrzności. Seppuku ukazywało wolę samuraja, aby oczyścić się z fałszywych zarzutów i udowodnić swą niewinność. Było także popełniane na rozkaz cesarza. Ta forma seppuku przestała istnieć od czasu restauracji Meiji, tj. od roku 1868.

Seppuku z czasem stało się formą protestu przeciwko rozkazom zwierzchników, najdogodniejszym sposobem zmazania doznanej obelgi. Taką możliwość śmierci dawano również wysoko urodzonym, skazanym przez władze za dokonanie jakiejś zbrodni. Forma ta praktykowana była jeszcze na początku XX wieku. Jako wyraz żalu po śmierci cesarza Mutsuhito seppuku popełnił słynny zdobywca Port Artur, generał Maresuke Nogi. W roku 1925 zastosowano seppuku jako protest przeciwko polityce zagranicznej rządu.

Ostatnim głośnym przypadkiem seppuku w Japonii było samobójstwo pisarza Yukio Mishimy w 1970 roku, będące wyrazem protestu przeciw zmianom, jakie zaszły w Japonii po II wojnie światowej.