Jednak fakt, że Atanazy wyliczył księgi NT w tej samej kolejności, co Kodeks Watykański nie oznacza, że kolejność ta bierze swój początek właśnie od Atanazego. Atanazy wyliczył je po prostu w takiej kolejności, w jakiej zwykło się je wyliczać w Aleksandrii. Ani Kodeks Watykański, ani Atanazy nie wprowadzali do tego porządku ksiąg żadnych innowacji. Paleografowie opowiadają się za pierwszą połową IV wieku.
W Bibliotece Watykańskiej thumb|Hala Sykstyńska w Bibliotece Watykańskiej Kodeks uwzględniony został w pierwszym katalogu Biblioteki Watykańskiej (założonej w 1448 roku) sporządzonym w roku 1475, w którym figuruje pod pozycją 1209, a także w katalogu z 1481 roku. W katalogu z 1481 roku opisany został jako „Biblia in tribus columnis ex membranis”.
Aż do początku XVIII wieku mało kto o nim słyszał, nikt natomiast nie znał jego rzeczywistej wartości. Erazm został poinformowany o nim listownie w 1521 roku przez Paulusa Bombasius, prefekta Biblioteki Watykańskiej. Bombasius zarzucił mu odejście od tekstu Wulgaty, który znajduje swoje potwierdzenie w przechowywanej w bibliotece bardzo starej kopii Pisma Świętego. W liście do Erazma Bombasius zacytował jedynie teksty 1 Jana 4,1-3 i 1 Jana 5,7-11 z owego „bardzo starego rękopisu”.