Co istotne, system konstrukcyjny zastosowany w partii wschodniej różnił się wyraźnie od tego w starszej partii zachodniej: zgodnie z panującymi w architekturze ok. 1500 r. tendencjami przypory „wciągnięto” do środka, co czyniło ściany zewnętrzne płaskimi, zaś wewnątrz kościoła między przyporami powstawały przestrzenie na kształt nisz, nadające się na umieszczenie niewielkich ołtarzy bocznych i organizację w tych miejscach kaplic. Przedstawiona forma świątyni wzorowała się na późnogotyckiej architekturze sakralnej dużych miast pobrzeża Bałtyku, w których model wielobocznie zamkniętej od wschodu, obszernej hali z ambitem stał się w XV stuleciu dość popularny (np. fara mariacka w Stargardzie, fara św. Jakuba w Szczecinie, fara w Chojnie, kościół św. Mikołaja w Berlinie czy ).
Najpewniej w powyżej opisanym kształcie świątynia prezentowała się w 1571 r., kiedy król Zygmunt August, jako monarcha dzierżący prawo patronatu nad kościołem, przekazał go sprowadzonym do miasta jezuitom. Jezuici, których kolegium wkrótce – w 1579 r. dzięki Stefanowi Batoremu zyskało status uniwersytetu, skupili się na budowie zabudowań klasztornych i kolegiackich, zadowalając się w pełni obszernym kościołem.