Latem 2003 Emre został piłkarzem Beşiktaşu JK. W 2004 roku dzięki 3. miejscu w lidze zakwalifikował się z nim do Pucharu UEFA, ale w 2005 roku zajął 4. miejsce w Superlidze. Latem wrócił do Galatasaray. Tam jednak przegrał rywalizację z Chorwatem Stjepanem Tomasem i Kameruńczykiem Rigobertem Songiem, dlatego był rezerwowym. W 2006 roku został mistrzem Turcji. Latem 2007 wypożyczono go do Ankarasporu. W 2010 zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1991/92 Sönmez Filamentspor TFF 2. Lig 28 0 1992/93 Balıkesirspor TFF 1. Lig 27 7 1993/94 Fenerbahçe SK Süper Lig 22 0 1994/95 Fenerbahçe SK Süper Lig 16 1 1995/96 Fenerbahçe SK Süper Lig 4 0 1996/97 Istanbulspor Süper Lig 9 0 1997/98 Istanbulspor Süper Lig 23 0 1998/99 Istanbulspor Süper Lig 25 0 1999/00 Istanbulspor Süper Lig 26 6 2000/01 Galatasaray SK Süper Lig 19 1 2001/02 Galatasaray SK Süper Lig 27 0 2002/03 Galatasaray SK Süper Lig 17 0 2003/04 Beşiktaş JK Süper Lig 23 1 2004/05 Beşiktaş JK Süper Lig 9 1 2005/06 Galatasaray SK Süper Lig 3 0 2006/07 Galatasaray SK Süper Lig 12 1 2007/08 Ankaraspor Süper Lig 26 1 2008/09 Galatasaray SK Süper Lig 18 0 2009/10 Galatasaray SK Süper Lig 6 0