Eugeniusz Wilkowski (ur. 4 stycznia 1955 w Miednikach) – polski polityk, historyk, urzędnik samorządowy, nauczyciel akademicki, działacz opozycji w okresie PRL, senator I i II kadencji.
Życiorys Ukończył historię (1978) i filozofię (1979) na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej. W 1996 na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim uzyskał stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie historii na podstawie pracy pt. Sytuacja religijna unitów w Królestwie Polskim w latach 1875–1905. Habilitował się w 2012 na UMCS w oparciu o rozprawę zatytułowaną Solidarność na ziemi zamojskiej w latach 1980–1989.
W okresie 1979–1984 pracował jako nauczyciel w Zbiorczej Szkole Gminnej w Białopolu. W 1980 został członkiem prezydium międzyzakładowej komisji organizacyjnej NSZZ „Solidarność” w Chełmie. Następnie zakładał struktury „Solidarności Wiejskiej” i NSZZ „S” Rolników Indywidualnych. W stanie wojennym został internowany na okres od 13 grudnia 1981 do 30 listopada 1982. Po zwolnieniu został członkiem niejawnej Wojewódzkiej Komisji Koordynacyjnej rolniczej „Solidarności”. W grudniu tego roku tymczasowo aresztowany, pozostawał bez wyroku w izolacji, zwolniono go w związku z amnestią w lipcu 1984.