Klub aż do połowy lat 90. nie potrafił sięgnąć po najwyższe krajowe trofea. Zapowiedzią lepszych czasów było zdobycie Pucharu Coca-Coli w 1996 roku i Tarczy Hrabstwa Antrim (County Antrim Shield) w 1997. W sezonie 1997/98 Cliftonville zdobył swój trzeci tytuł mistrzowski (było to dla klubu pierwsze mistrzostwo Irlandii Północnej). Kolejny sukces przyszedł dopiero w następnym tysiącleciu – w sezonie 2003/04 Cliftonville zdobył Puchar Ligi (Irish Football League Cup).
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Klub Dom Wyjazd Ogólnie 1979/80 Puchar Zdobywców Pucharów 1R FC Nantes 0–1 0–7 0–8 1996 Puchar Intertoto Grupa 1 Standard Liège 0–3 5. miejsce Aalborg BK 0–4 VfB Stuttgart 1–4 Hapoel Tel Awiw 1–1 1998/99 Liga Mistrzów 1Q FC VSS Košice 1–5 0–8 1–13 2001 Puchar Intertoto 1R Tiligul-Tiras Tyraspol 1–3 0–1 1–4, Dogr. 2007 Puchar Intertoto 1R FK Dinaburg 1–1 1–0 2–1 2R KAA Gent 0–4 0–2 0–6 2008/09 Puchar UEFA 1Q FC København 0–4 0–7 0–11 2010/11 Liga Europy 2Q Cibalia Vinkovci 0–0 1–0 1–0 3Q CSKA Sofia 1–2 0–3 1–5 2011/12 Liga Europy 1Q The New Saints 0–1 1–1 1–2 2012/13 Liga Europy 1Q Kalmar FF 1–0 0–4 1–4 2013/14 Liga Mistrzów 2Q Celtic F.C.