w jeziorze Ilińsk – o 1,5 m, Ruda Woda – o 1,7 m).
Na Jeziorze Karnickim (97,5 m n.p.m.) wybudowano dwie groble, między które wpuszczono wody kanału, oraz akwedukt leżący powyżej lustra wody tego jeziora.
Pierwszy statek przepłynął kanał 31 sierpnia 1860 (odcinek Ostróda – MiłomłynW źródłach spotyka się również informację, że tego dnia zainaugurowano ruch Elbląg – Miłomłyn – Iława.). Prace prowadzono jednak dalej i kanał uruchomiono do żeglugi towarowej dopiero rok później, 28 października 1861. Ze względu na porę roku nie skorzystało z niego wtedy wiele statków. Oficjalnie kanał oddano do eksploatacji wiosną 1862.
W latach 1872–1876 na odcinku Ostróda-Miłomłyn uruchomiono trzy śluzy: Miłomłyn, Zielona, Mała Ruś. Ostatnią pochylnię Całuny (położoną najbliżej jeziora Druzno) zbudowano w latach 1874–1881. Zastąpiła ona znajdujące się wcześniej w tym miejscu śluzy.