Decyzję tę uchylił Sąd Rejonowy dla Warszawy-Śródmieścia i nakazał wszczęcie dochodzenia.
Bogdan Czajkowski jest przeciwnikiem traktatu reformującego Unię Europejską.
Wszedł w skład komitetu wspierającego kandydaturę Karola Nawrockiego na prezydenta RP w wyborach w 2025.
Zwrot odznaczenia 6 marca 2008 w Pałacu Prezydenckim, podczas uroczystości związanych z obchodami 40. rocznicy tak zwanych wydarzeń marcowych, jako jedyny ze zgromadzonych odmówił przyjęcia Krzyża Oficerskiego Orderu Odrodzenia Polski z rąk prezydenta Lecha Kaczyńskiego. Całe wydarzenie było transmitowane przez telewizję. Swoją decyzję o publicznym odrzuceniu orderu Bogdan Czajkowski motywował tym, że władze odmówiły rozpisania referendum w sprawie przyjęcia traktatu lizbońskiego. Jednocześnie zaznaczył, iż jego odmowa nie jest protestem adresowanym osobiście do prezydenta, lecz protestem przeciw „elitom, które zdradziły Polskę”.
Pod wpływem tragicznej śmierci prezydenta Kaczyńskiego pod Smoleńskiem zdecydował się przyjąć nadany mu wcześniej order, chcąc w ten sposób oddać pośmiertny szacunek jego osobie (ponieważ w latach 2006–2013 przebywał na emigracji w Australii, odznaczenie to odebrał w jego imieniu brat, 11 listopada 2010, z rąk wojewody kujawsko-pomorskiego).