W 1983 objął stanowisko asystenta, a w 1987 adiunkta Kliniki Kardiochirurgii Dziecięcej w Krakowie. W 1997 objął stanowisko kierownika Kliniki Kardiochirurgii Dziecięcej ówczesnego Polsko-Amerykańskiego Instytutu Pediatrii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Klinika pod jego kierownictwem otrzymała certyfikat zarządzania jakością ISO – w dziedzinie leczenia dzieci z wrodzonymi wadami serca, prowadzeniu badań naukowych, działalności dydaktycznej dla studentów i lekarzy. W latach 2000–2007 pełnił funkcję Wicedyrektora Polsko-Amerykańskiego Instytutu Pediatrii w Krakowie, oraz Kierownika Katedry Chirurgii Pediatrycznej Uniwersytetu Jagiellońskiego. Podczas swojej pracy w krakowskiej Klinice, jako pierwszy w Polsce zastosował mechaniczne wspomaganie krążenia i pozaustrojowe utlenowanie krwi (ECMO) u dziecka po operacji serca, oraz przeprowadził z sukcesem operację u dziecka z zespołem niedorozwoju lewego serca (HLHS) zapoczątkowując tym samym program leczenia tej wady w Polsce. Dał się poznać nie tylko jako wybitny specjalista, ale również lekarz bezwzględnie oddany pacjentom, walcząc przez wiele godzin, przy pomocy sztucznego płuco-serca o życie nastoletniej dziewczyny, u której doszło do kilkunastogodzinnego toksycznego zatrzymania serca.