II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej w Europie we wrześniu 1939, „Swan” został wyposażony do roli trałowca i 9 grudnia 1939 został okrętem flagowym nowo sformowanej 20 Flotylli Trałowej (w składzie HMAS „Swan”, "HMAS „Yarra”, HMAS „Doomba” i HMAS „Orara”. Do grudnia 1941 pełnił służbę trałową na wodach Australii (od października 1940 w roli okrętu flagowego zastąpił go HMAS „Warrego”). W listopadzie 1940 flotylla wytrałowała pierwsze miny, postawione przez niemiecki pomocniczy stawiacz min „Passat” w Cieśninie Bassa. Później także trałowano miny postawione przez niemiecki krążownik pomocniczy „Pinguin”, przy czym „Swan” zniszczył 10 min.
W grudniu 1941, po wybuchu wojny na Pacyfiku, „Swan” trałował miny pod Port Moresby na Nowej Gwinei i służył do eskorty konwojów. W styczniu 1942 był po raz pierwszy atakowany przez lotnictwo japońskie koło Moluków (nieskutecznie). W lutym 1942 bazował w Darwin. 15 lutego brał udział w eskorcie transportu wojska z Darwin na Timor, który musiał zawrócić na skutek ataków lotnictwa. 19 lutego 1942 „Swan” został uszkodzony przez bliskie wybuchy podczas ataków japońskich samolotów pokładowych (z „Kaga”, „Akagi”, „Sōryū” i „Hiryū”) na Darwin.