Odznaczony Expositorio Canonicali. Znowu ścigany uciekał i ukrywał się. Aresztowany wraz z innymi kapłanami we Wrocławiu na Psim Polu, na plebanii (21 października 1950), przebywał w więzieniu wrocławskim i tam na śledztwie (1950–1952), a potem w Rzeszowie, gdzie został skazany na 7 lat więzienia w 1954 z zaliczeniem. Karę odbył na Zamku w Rzeszowie i w Rawiczu. Warunkowo został zwolniony w listopadzie 1954 na 1 rok. W 1956 darowano mu resztę kary. Po wyjściu z więzienia zaprzestał działalności politycznej. Przechodził tzw. chorobę powięzienną. Zamieszkał u swojej siostry w Sobniowie i u znajomych księży.

Ekskardynowany z diecezji przemyskiej 27 kwietnia 1955 przybył do archidiecezji wrocławskiej i tu został mianowany administratorem parafii Smogorzów Wielki. mimo utrudnień odbudował z ruin kościół i zbudował plebanię. Na 25-lecie kapłaństwa otrzymał prawo noszenia Rochettum et Mantolettum (1 lipca 1959). 18 sierpnia 1959 przeniesiony do archidiecezji wrocławskiej.

Papież Jan XXIII zaliczył go do swych Tajnych Szambelanów (24 grudnia 1962);