Kościół parafialny w Proszowicach już w tych zamierzchłych czasach należał do znaczniejszych, większych i bogatszych na ziemi krakowskiej i w diecezji krakowskiej, co zresztą ma swoje uzasadnienie w tym, że fundatorem i zarazem jego kolatorem był król Polski. Kościół swoimi rozmiarami znacznie przewyższał potrzeby parafii. Szybko znaleziono dla niego godną funkcję, od końca XV wieku odbywają się w nim sejmiki ziemskie województwa krakowskiego, działały aż do rozbiorów. W czasie jednego z nich w 1595 roku doszło do rozlewu krwi w świątyni i musiała ona być na nowo konsekrowana. W 1550 roku król Zygmunt II August oddał kościół i parafię pod opiekę Akademii Krakowskiej. Od tej chwili aż do 1819 roku proboszczami parafii byli profesorowie tej uczelni m.in. ks. Wacław z Oświęcimia, ks. Aleksander Krzysztoporski, ks. Jakub z Ujścia (proboszczowie rzadko rezydowali w parafii, pełniąc obowiązki wobec Akademii, przebywali najczęściej w Krakowie). Na skutek rozbiorów Polski parafia weszła w skład nowo utworzonej diecezji kieleckiej, wydzielonej z dotychczasowej diecezji krakowskiej w 1805 roku. Jednak niedługo po podziale nastąpiło ponowne połączenie obydwu diecezji w diecezję kielecko-krakowską.