W 1978 roku poprowadził rozmowy z królową brytyjską w sprawie zmiany statusu Brunei, co zaowocowało podpisaniem traktatu o przyjaźni i kooperacji między Brunei a Wielką Brytanią, w którym rząd brytyjski zrzekł się prowadzenia polityki zagranicznej i obrony Brunei. 1 stycznia 1984 roku Brunei uzyskało niepodległość, a sułtan został premierem nowo utworzonego rządu. Po śmierci ojca w 1986 roku objął funkcję ministra obrony narodowej. Po dymisji brata Jefriego w lutym 1997 roku objął również funkcję ministra finansów. W październiku 2015 roku przejął po bracie Mohamedzie tekę ministra spraw zagranicznych i handlu.
Od lipca 1965 roku Hassanal Bolkiah żonaty jest ze swoją kuzynką Salehą, która nosi tytuł królewski Raja Isteri Pengiran. W 1981 roku poślubił drugą żonę Mariam Abdul Aziz, z którą rozwiódł się w 2003 roku. Od 20 sierpnia 2005 do 16 czerwca 2010 roku trzecią żoną sułtana była malezyjska dziennikarka TV3 – Azrinaz Mazhar Hakim, która 1 czerwca 2006 urodziła władcy syna – księcia Abdula Wakeela a 28 stycznia 2008 roku córkę – księżniczkę Ameerah Wardatulę Bolkiah. 9 czerwca 2009 roku otrzymała tytuł królowej Pengiran Isteri. Sułtan rozwiódł się z nią, pozbawiając ją wszystkich tytułów królewskich, odznaczeń i medali. Hassanal Bolkiah ma pięciu synów i siedem córek.