Obszar chroniony rozciąga się w północno-środkowej części Wielkich Rowów Afrykańskich – jest to szeroka dolina zamknięta od północy skarpą, wznoszącą się na ponad 2000 m n.p.m. Środowisko Masai Mara jest zróżnicowane – od sawanny, poprzez lasy akacjowe, bagna, lasy nadrzeczne do skrubu z przewagą akacji oraz roślin z rodzaju Croton i Tarchonanthus.
Obszar przecinają rzeki Mara i Talak River. Mara to jedyna nieokresowa rzeka przepływająca przez Masai Mara i Serengeti, zapewniająca źródło wody pitnej podczas pory suchej. We wschodniej części obszaru klimat jest bardziej suchy – średnie opady roczne wynoszą tu ok. 800 mm, a w zachodniej bardziej wilgotny ze średnimi opadami w roku ok. 1200 mm. Przez cały rok średnie dzienne temperatury wynoszą 30–35 °C, nocami temperatury rzadko spada poniżej 8 °C.
Na ziemi tej mieszkają Masajowie, których zwykle można spotkać podczas wypasu bydła.
Historia Początki obszaru chronionego Masai Mara sięgają 1948 roku, kiedy utworzono tam obszar chroniony dzikiej przyrody (ang. Wildlife Sanctuary);