Sean M. Carroll, naukowiec na wydziale fizyki California Institute of Technology, także otwarcie krytykował nagrodę. W 2005 roku stwierdził on: „W ostatnich latach mamy wezbranie historii w znaczących mediach jak to nowe odkrycia w nauce zbliżają współczesną naukę do religii. Oczywiście nie było takich odkryć. Z czym natomiast mamy do czynienia, to pieniądze – kubły i kubły pieniędzy, w dużym stopniu od ludzi Templetona, aby rozdawać nagrody, przeprowadzać konferencje i wspierać naukowców, którzy powiedzą coś miłego o religii”.
W podobnym stylu wypowiada się Jerry Coyne, który podsumowuje, że Fundacja Templetona jest „bardziej podstępna niż kreacjoniści”.
Odpowiedzi na krytykę Do krytyki odniósł się Martin Rees – beneficjent nagrody, astronom, były prezes Royal Society, który okazjonalnie chodzi do kościoła pomimo tego, że nie wierzy w Boga ani też nie akceptuje żadnych religijnych dogmatów, gdyż jak sam stwierdził jest to dla niego „tradycyjny rytuał” oraz w jego kościele występuje jeden z najlepszych chórów. Przyjęcie przez siebie nagrody uzasadniał następująco: „[Działalność naukowa wzbudziła we mnie] podejrzliwość wobec ludzi, którzy wierzą, iż posiadają większe niż niepełne lub metaforyczne rozumienie jakiegokolwiek głębokiego aspektu rzeczywistości.