Jednak dopiero przejście do studia braci Warner w 1936 roku pozwoliło młodemu, 24-letniemu wówczas artyście, rozwinąć skrzydła i pokazać na co go stać...
Podczas Złotego Wieku Animacji, na przełomie lat 1930-1940, nadzorował i kierował pracą wielu rysowników, których zespołowym osiągnięciem jest światowej sławy postać, trudne dziecko animacji – Królik Bugs i Kaczor Daffy. W pracy nad Looney Tunes Jones stworzył swoją własną grupę niepokonanych charakterów z Kojotem i jego prześladowcą, Strusiem Pędziwiatrem na czele. W przeciwieństwie do animacji produkowanych przez studio Walta Disneya, kreskówki Jonesa przedstawiały postacie tryskające szalonym i wielokrotnie czarnym poczuciem humoru, co trafiało w gusta nie tylko dla dzieci, ale i rodziców. Świat animacji zaroił się od dowcipnych, krnąbrnych, upartych, złośliwych i przez to bardzo ludzkich postaci. Po zamknięciu studia Warner Bros w 1962 roku, Jones przeniósł się do wytwórni MGM, gdzie zaczął pracować nad trzecią serią popularnej kreskówki Tom i Jerry. Stworzył on 30 odcinków tej nowej serii. W 1965 roku wyreżyserował krótki film animowany zatytułowany Kropka i linia, za który otrzymał Oscara.