Kwestią, która podzieliła państwa UE i wywołała trudności w relacjach transatlantyckich, była amerykańska interwencja w Iraku w 2003 r. Większość państw Unii popierała ograniczenie się do kontroli tego kraju przez inspektorów ONZ. Gdy USA zaczęły naciskać na Radę Bezpieczeństwa ONZ, by wydała rezolucję zezwalającą na użycie siły, Francja, Niemcy i Belgia stanowczo wypowiedziały się przeciwko temu. Jednakże 30 stycznia 2003 r. premierzy Wielkiej Brytanii, Hiszpanii, Włoch, Polski, Portugalii, Danii i Węgier oraz prezydent Czech podpisali tzw. list ośmiu, w którym wyrażali poparcie dla interwencji w Iraku. Spowodował on rozłam w Unii, który pogorszyło podjęcie akcji zbrojnej. Negatywnie wpłynęła ona również na stosunki UE-USA, gdyż kraje europejskie poczuły się zignorowane przez Stany Zjednoczone i uważały, że nie liczą się one z sojusznikami z NATO.
Próby poprawy relacji europejsko-amerykańskich podjęto 25 czerwca 2003 r. w Waszyngtonie na szczycie UE-USA. Jego rezultatem było kilka oświadczeń oraz podpisanie układów o wzajemnej pomocy prawnej i ekstradycji, które Unia zaproponowała po atakach z 11 września.