Trzon w górnej części ma barwę białawą i ciemnieje ku dołowi. Zarodniki Elipsoidalne do wrzecionowatych, o wymiarach 40–45×15–20μm. Gatunki podobne Jest wiele podobnych czarek (Sarcoscypha sp.), które tworzą znacznie większe owocniki opatrzone grubszym i bardziej krępym trzonem oraz wyrastają bezpośrednio z murszejącego drewna.
Występowanie i siedlisko W Polsce jest rzadki i podlega ścisłej ochronie gatunkowej – Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów.. Znajduje się na Czerwonej liście roślin i grzybów Polski. Ma status R – potencjalnie zagrożony z powodu ograniczonego zasięgu geograficznego i małych obszarów siedliskowych. Znajduje się na czerwonych listach w kilku innych krajach europejskich, w tym w Austrii, Bułgarii, Czechach, Niemczech, na Słowacji i we Francji (w regionie Franche-Comté).
Rośnie w sąsiedztwie murszejącego, zagrzebanego w ziemi drewna drzew liściastych. Owocniki pojawiają się wiosną, od stycznia do maja, często w małych grupach, w lasach liściastych i mieszanych.
Do 2019 roku, czareczka długotrzonkowa notowana była jedynie na kilku historycznych stanowiskach znanych z literatury: